Những năm qua, trường THCS Nguyễn Phong Sắc luôn nhận được sự quan tâm, lãnh đạo của các cấp ủy Đảng, chính quyền cùn các ban Ngành và Hội cha mẹ học sinh. Cơ sở vật chất, trang thiết bị dạy học được nâng cấp và đầu tư phục vụ cho công tác dạy và học. Năm 2006, trường vinh dự được đón nhận danh hiệu trường chuẩn quốc gia.

Sau 23 năm xây dựng, đến năm 2010 trường THCS Nguyễn Phong Sắc được đầu tư xây dựng theo thiết kế mới, là công trình kỷ niệm 50 năm ngày thành lập quận Hai Bà Trưng và gắn biển năm 2011. Ngôi trường mang một diện mạo mới, khang trang và hiện đại với 3 hối nhà tầng gồm 32 phòng học va nhà hiệu bộ, 4 phòng chức năng, phòng đồ dùng dạy học, thư viện, khu nhà thể chất, khu TDTT. Ngôi trường yên tĩnh với những hàng cây xanh rợp mát nằm tĩnh lặng giữa những ồn ào náo nhiệt của phố phường, trở thành môi trường học đường tốt cho các em học tập.